Biologia evolutiva e conservação da biodiversidade. Interesses: caracterização e conservação da biodiversidade, investigação de padrões e processos que levaram à diversificação das espécies, expansão ou decréscimo de populações, caracterização da diversidade genética dos grupos, etc., utilizando, para isso, diferentes linhas de evidência: genômica comparativa (citogenômica, mitogenômica, genômica nuclear), sistemática molecular, filogenética, filogeografia, biogeografia, taxonomia integrativa. 

As abordagens mencionadas acima representam, em tempos atuais, o ponto de partida para estudos mais amplos relativos à crise da biodiversidade, crise climática e à crise gerada pela pandemia, fatos que evidenciam a importância da caracterização do nosso patrimônio genético, incluindo diversidade oculta, para tomadas de decisões em relação à conservação de organismos in situ, conservação ex situ, manutenção de ambientes naturais com diferentes fitofisionomias para preservar e evitar o encontro da fauna silvestre (potencialmente animais venenosos e reservatórios de zoonoses) com o homem, o que converge a assuntos relativos à saúde pública.

Pós-Graduação em Biologia/Genética do Departamento de Genética e Biologia Evolutiva do Instituto de Biociências da USP.

Pós-Graduação Interunidades em Biotecnologia ICB/IPT/Instituto Butantan.

Programa de Aperfeiçoamento/Especialização em Programa de Aprimoramento Profissional - Biologia Animal) - Instituto Butantan, Secretaria da Saúde do Estado de São Paulo.

1. Gonzalez RC, Bezerra de Lima LC, Passos P, Silva MJJ. The good, the bad and the boa: An unexpected new species of a true boa revealed by morphological and molecular evidence. PLoS ONE 19(4): e0298159. https://doi.org/10.1371/ journal.pone.02981591. 2024
2. DI-NIZO, C. B.; SUAREZ-VILLOTA, E.Y.; SILVA, M.J.J. Species limits and recent diversification of Cerradomys (Sigmodontinae: Oryzomyini) during the Pleistocene. PeerJ, v. 10, p. 1/e13011-30, 2022.
3. SALLES-OLIVEIRA, I.; MACHADO, T.; BANCI, K. R. S.; ALMEIDASANTOS, S. M.; SILVA, M.J.J. Genetic variability, management, and conservation implications of the critically endangered Brazilian pitviper Bothrops insularis. Ecology and Evolution, v. 00, p. 1-13, 2020. 
4. CUBIDES-CUBILLO, S. D.; PATANE, J. S. L.; SILVA, K. M. P.; ALMEIDA-SANTOS, S. M.; POLYDORO, D.; GALASSI, G. G.; TRAVAGLIA-CARDOSO, S. R.; SILVA, M.J.J. Evidence of facultative parthenogenesis in three Neotropical pitviper species of the Bothrops atrox group. PeerJ, v. 8, p. e10097, 2020. 
5. GUILARDI, M. D.; JAYAT, P.; Weksler, M; PATTON, J. L.; ORTIZ, P.; ALMEIDA, K. A.; SILVA, M.J.J. A review of Euryoryzomys legatus (Rodentia, Sigmodontinae): morphological redescription, cytogenetics, and molecular phylogeny. PeerJ, v. 8, p. e9884, 2020.

Atuais

Giselle Pessanha Pessoa - 2023 - Doutorado - CAPES
Igor Salles de Oliveira - 2022 - Doutorado - CNPq
Sergio Cubides Cubillos - 2018 - Doutorado - CNPq
Cássia Vieira Domingos - 2022 - Mestrado - CAPES
Igor Pacheco Ferreira - 2024 - Iniciação Científica - Sem bolsa
Camilla Bruno Di Nizo - 2021 - Pós-Doutorado - Proventos da Alemanha

Concluídos

Auxílios à Pesquisa concluídos: 

Regular: Uma abordagem multidisciplinar para estudos de processos evolutivos e padrões biogeográficos em pequenos mamíferos e serpentes neotropicais

Processo FAPESP: 2014/02885-2

Recursos: R$ 472.862,99

Pesquisador Responsável: Dra. Maria José de J. Silva

Vigência: fevereiro/ 2015 – outubro 2018

Jovem Pesquisador: Estudos citogenéticos e moleculares em pequenos roedores neotropicais

Processo FAPESP: 05/04557-3

Recursos: R$ 185.506,73

Pesquisador Responsável: Dra. Maria José de J. Silva

Vigência: março de 2007 - outubro de 2011

Auxílio à Pesquisa - Reunião – Exterior: 22nd International Chromosome Conference - Praga

Processo FAPESP: 18/05825-1

Recursos: R$ 11.704,34

Vigência: 02 de setembro de 2018 - 05 de setembro de 2018

Avanços na citogenética de roedores brasileiros: citotaxonomia, evolução cromossômica e novos dados cariotípicos.

Processo: 18/01948-1

Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas (Artigo)

Vigência: 01 de abril de 2018 - 30 de setembro de 2018.

Temático Biota: Filogeografia comparada, filogenia, modelagem paleoclimática e taxonomia e répteis e anfíbios neotropicais

Processo FAPESP: #11/50146-6 

Coordenação: Dr. Miguel T. Rodrigues (Instituto de Biociências – USP) - Participação encerrada.

Pós-Doutorado no Brasil e Exterior: Proc. FAPESP 1999/08156-0 e 2000/06591-0, cujos valores são R$ 142.438,84 e R$ 83.825,30, respectivamente (os títulos dos projetos são apresentados no item 1).

No total, são 17 projetos de pesquisa concluídos financiados pela FAPESP como Coordenadora ou Beneficiária: https://bv.fapesp.br/pt/pesquisador/2834/maria-jose-de-jesus-silva/

Prêmios

• Melhor poster - Trabalho: Morphological, molecular, and ecological assessment on Porthidium genus (Serpentes: Viperidae) throughout a wide ecozone reveals a taxonomic complexity in northern South America. apresentado no X Congresso de Herpetologia – 11 a 15 de setembro de 2023. Porto Seguro, Bahia. Orientadora.
• Jovem Cientista - Categoria Doutorado - Trabalho: Evidences of facultative parthenogenesis in three Neotropical pitviper species of the Bothrops atrox group (Orientação de Doutorado de Sergio Cubides-Cubillos), Instituto Butantan. XXI Reunião Científica Anual (RCA). Orientadora.

Editora Associada 

2019 – atual: Genetics and Molecular Biology – Animal Genetics.

2021 - atual: Ad hoc na avaliação de trabalhos e prêmios no Congresso da Sociedade Brasileira de Genética.

Atividades de ensino em cursos de especialização, extensão e pós-graduação

• Coordenadora e responsável - Disciplina BTC 5803 - Citogenética e Genética Molecular nos Estudos de Vertebrados. Programa de Pós-Graduação Interunidades em Biotecnologia ICB-USP/IPT/Butantan – Aulas às sextas-feiras, das 8h às 17h – 8 semanas. 2022 (presencial).
• Responsável - Disciplina ESIB – Escola Superior do Instituto Butantan - Especialização: Marcadores moleculares e sua aplicabilidade para a caracterização da Biodiversidade - Aulas Teóricas/Práticas/Seminários: 3 aulas das 8 às 12h e uma aula das 8h às 12h e das 13h às 17h = 20h – 4 semanas. 2022 (presencial).
• Responsável - Disciplina ESIB – Escola Superior do Instituto Butantan - Especialização: Marcadores moleculares e sua aplicabilidade para a caracterização da Biodiversidade - Aulas Teóricas/Práticas/Seminários: 3 aulas das 8 às 12h e uma aula das 8h às 12h e das 13h às 17h = 20h– 4 semanas. 2021 (online).
• Aula ministrada: Partenogênese - Curso de extensão universitária “Biologia reprodutiva de Squamata”, de 27 de setembro a 01 de outubro de 2021 (online).
• Responsável - Disciplina ESIB – Escola Superior do Instituto Butantan - Especialização: Marcadores moleculares e sua aplicabilidade para a caracterização da Biodiversidade - Aulas Teóricas/Práticas/Seminários: 3 aulas das 8 às 12h e uma aula das 8h às 12h e das 13h às 17h = 20h – 4 semanas. 2019.
• Cessão de material para o Museu de Microbiologia do Instituto Butantan 2023. Lâminas com cromossomos de Naja apreendida em Brasília.

Membro do Conselho Deliberativo de Curadoria das Coleções Científicas Zoológicas do Instituto Butantan.

Membro da Comissão de Biodiversidade do Instituto Butantan.

Membro da Comissão do Banco de Tecidos do Instituto Butantan (2006 – 2016)

Outras atividades: coordenação e organização de coletas em campo, revisão ad hoc de diversas revistas científicas, ad hoc CEUA, participação em bancas, etc.