Um dos grandes desafios para o diagnóstico de doenças infecciosas virais é a identificação do agente viral etiológico correto, dado que a sintomatologia clínica é frequentemente bastante similar entre diferentes infecções. Os testes diagnósticos moleculares clássicos possuem limitações, como a necessidade de primers e sondas específicos, além de mutações que podem interferir no funcionamento adequado dos kits diagnósticos. Além disso, múltiplos agentes virais emergentes ou não suspeitos podem escapar do diagnóstico. Portanto, a aplicação de métodos modernos, como a metagenômica viral, é primordial para a identificação de agentes virais emergentes ou não suspeitos que podem causar sintomatologia clínica. Nesse contexto, a principal linha de pesquisa do grupo é a aplicação da tecnologia de sequenciamento de última geração e da metagenômica viral para a identificação de vírus emergentes em diversas amostras clínicas, como sangue e amostras do trato respiratório, entre outras.

O sequenciamento de última geração e a análise bioinformática desse vasto conjunto de dados revolucionaram a área da virologia, especialmente na identificação de vírus emergentes ou não suspeitos. Até então, devido às limitações dos métodos de diagnóstico convencionais, não era possível identificar essas doenças. O sequenciamento de última geração proporciona informações sobre todas as sequências presentes em uma amostra clínica, possibilitando a identificação de sequências virais de vírus desconhecidos ou não suspeitos. Dessa forma, foram descritos diversos agentes infecciosos, incluindo o SARS-CoV-2, que causou uma pandemia mundial de grandes proporções.

Oncologia Clínica, Células-Tronco e Terapia Celular da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP

1. IANI, FELIPE CAMPOS DE MELO ; DE CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO ; ADELINO, TALITA EMILE RIBEIRO ; DA SILVA, ANIELLY SARANA ; KASHIMA, SIMONE ; ALCANTARA, LUIZ CARLOS JUNIOR ; SAMPAIO, SANDRA COCCUZZO ; GIOVANETTI, MARTA ; ELIAS, MARIA CAROLINA ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV . Metagenomic Analysis for Diagnosis of Hemorrhagic Fever in Minas Gerais, Brazil. Microorganisms, v. 12, p. 769, 2024.

2. GIOVANETTI, MARTA ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV ; FONSECA, VAGNER ; WILKINSON, EDUAN ; TEGALLY, HOURIIYAH ; PATANÉ, JOSÉ SALVATORE LEISTER ; VIALA, VINCENT LOUIS ; SAN, EMMANUEL JAMES ; RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA ; SANTOS, ELAINE VIEIRA ; ABURJAILE, FLAVIA ; XAVIER, JOILSON ; FRITSCH, HEGGER ; ADELINO, TALITA EMILE RIBEIRO ; PEREIRA, FELICIDADE ; LEAL, ARABELA ; IANI, FELIPE CAMPOS DE MELO ; DE CARVALHO PEREIRA, GLAUCO ; VAZQUEZ, CYNTHIA ; SANABRIA, GLADYS MERCEDES ESTIGARRIBIA . Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil. Nature Microbiology, v. s/n, p. s/n, 2022. 

3. SLAVOV, SVETOSLAV N.; PATANÉ, JOSÉ S. L. ; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS ; GIOVANETTI, MARTA ; FONSECA, VAGNER ; MARTINS, ANTONIO J. ; VIALA, VINCENT L. ; RODRIGUES, EVANDRA S. ; SANTOS, ELAINE V. ; BARROS, CLAUDIA R. S. ; MARQUEZE, ELAINE C. ; SANTOS, BIBIANA ; ABURJAILE, FLAVIA ; NETO, RAUL M. ; MORETTI, DEBORA B. ; HADDAD, RICARDO ; CALADO, RODRIGO T. ; KITAJIMA, JOÃO P. ; FREITAS, ERIKA ; SCHLESINGER, DAVID . Genomic monitoring unveil the early detection of the SARS-CoV-2 B.1.351 (beta) variant (20H/501Y.V2) in Brazil. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY, v. n/a, p. n/a, 2021. 

4. DOS SANTOS BEZERRA, RAFAEL ; DE MELO JORGE, DANIEL MACEDO ; CASTRO, ÍTALO ARAÚJO ; MORETTO, EDSON LARA ; SCALON DE OLIVEIRA, LEONARDO ; UBIALI, EUGÊNIA MARIA AMORIM ; COVAS, DIMAS TADEU ; ARRUDA, EURICO ; KASHIMA, SIMONE ; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV . Detection of Influenza A(H3N2) Virus RNA in Donated Blood. EMERGING INFECTIOUS DISEASES, v. 26, p. n/a, 2020.

5. Kalvatchev Z ; Slavov SN ; Shtereva M ; Savova S . Reactivation of Polyomavirus hominis 1 (BKV) during pregnancy and the risk of mother-to-child transmission. Journal of Clinical Virology, v. 43, p. 328-329, 2008.

Alunos atuais

Alunos egressos

1. Projeto Jovem Pesquisador-FAPESP(2017/23205-8), Coordenador, Título “Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas”, Duração 2018-2024. 

2. Projeto CNPq Universal, Coordenador, Título “Explorando Vírus Comensais como Biomarcadores de Imunossupressão: Metavirômica de Alto Desempenho na Avaliação de Vírus comensais em pacientes Imunossuprimidos (estudo MADAVI)”, Duração 2024-2027

Colaborações

Colaborações nacionais

Universidade Federal de Santa Maria

FIOCRUZ-Instituto Carlos Chagas-Curitiba

Instituto de Ciências Biomédicas-II-USP

Hemocentro de Ribeirão Preto-USP

Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto-USP

Hospital Amaral Carvalho-Jau

Hospital Israelita “Albert Einstein”-São Paulo

FIOCRUZ-Manguinhos Rio de Janeiro

Fundação Ezequiel Dias-FUNED-Minas Gerais

Instituto Evandro Chagas-Belém

Instituto de Hematologia e Hemoterapia do Amapá

Colaborações internacionais

Università Campus Bio-Medico di Roma

Istituto Superiore di Sanità-Roma

University of Bonn, Alemanha

Institut Pasteur, Paris, França

University of the Free State, Bloemfontein, África do Sul