Estuda perfis de expressão gênica em larga escala de células humanas de câncer de próstata e de células embrionárias da placenta humana, com o objetivo de identificar e caracterizar os possíveis RNAs não codificantes longo (lncRNAs) reguladores dos programas de expressão gênica nessas células. Usa abordagens de biologia celular para caracterizar os mecanismos moleculares de regulação da expressão gênica de alguns lncRNAs selecionados destas células humanas. Também estuda alterações na expressão gênica em larga escala no parasita Schistosoma mansoni, com foco na busca de lncRNAs do parasita que sejam essenciais para manutenção de sua homeostase e de lncRNAs que estejam envolvidos na maturação, no desenvolvimento e no pareamento dos parasitas. Tem como objetivo identificar lncRNAs que sejam possíveis alvos terapêuticos contra a esquistossomose.

Nos últimos anos, com a intensa utilização do sequenciamento em larga-escala em substituição aos microarranjos para detecção da expressão gênica em diversos organismos, ficou evidente que, em todos os eucariotos até agora estudados, alguns milhares de RNAs longos (> 200 nucleotídeos) não-codificadores de proteínas (lncRNAs) representam uma classe de RNAs muito diversa e com expressão tecido-específica. Apesar disso, apenas algumas dezenas de lncRNAs em humanos tiveram seus mecanismos moleculares de ação identificados e caracterizados em detalhe, o que tem revelado seu papel como reguladores da transcrição gênica em eucariotos. O desafio atual continua sendo encontrar os modelos experimentais e os processos celulares mais relevantes, buscando lncRNAs que sejam alvos chave nestes processos, e mostrar a perda e o ganho de função, em um determinado tipo celular ou órgão, quando a transcrição de um destes lncRNAs é reprimida ou ele é super-expresso. 

O grupo de estudos se debruça sobre os processos celulares relevantes em duas espécies, o homem e o parasita Schistosoma mansoni, que têm sido o interesse de estudo nos últimos 15 anos. Em humanos, estudamos a participação de lncRNAs nos programas de diferenciação de células-tronco embrionárias humanas para trofoblastos da placenta, e a participação de lncRNAs na regulação por andrógeno do câncer de próstata. Em S. mansoni, é estudado o papel dos lncRNAs na maturação sexual dos parasitas, na resposta dos parasitas a drogas, e a participação de lncRNAs durante a morte de parasitas in vitro, induzida pela ação de soro imune de macacos rhesus infectados que se auto curaram da doença. A aplicação de novas tecnologias para detectar a interação entre lncRNAs, proteínas e seus possíveis sítios de ligação no DNA genômico, e a detecção em paralelo das modificações de marcas da cromatina e da atividade transcricional de genes, utilizadas pelos grupos de pesquisa nesta área, permitirão entender o papel regulatório de lncRNAs, e o conhecimento desses mecanismos de regulação poderá abrir portas para o eventual uso desses lncRNAs como alvos terapêuticos. 

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Atuais

Maria Gabriela Berzoti Coelho – Pós-doutorado – Bolsa FAPESP 2020/02976-9

Thalles Souza Lopes – Doutorado – Bolsa FAPESP 2021/06005-0

Fabio Nunes de Mello – Mestrado – Bolsa FAPESP 2022/11192-7

Caio Felipe Freire de Souza – Mestrado – Bolsa FAPESP 2023/14590-6

Egressos

Dentre os 30 Doutores orientados, 5 são membros da Academia Brasileira de Ciências: Jerson Lima Silva, Sérgio Teixeira Ferreira e Celia R.S. Garcia são membros titulares; Helder I. Nakaya e Thiago M. Venancio são membros afiliados.

Doutorado

Daisy Woellner Santos. D 2023. USP, bolsa FAPESP. Atualmente PD no Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo.

David Abraham Morales-Vicente. D 2022. USP, bolsa CAPES. Atualmente PD no Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA.

Gilbert O. Silveira. D 2022. USP, bolsa FAPESP. Atualmente pesquisador na empresa 3M Ciência Aplicada à Vida, SP.

Lucas Ferreira daSilva. D 2017. USP, bolsa FAPESP. Atualmente PD no Massachusetts General Hospital, Harvard Medical School, MA, USA.

Dinar Yunusov. D 2016. USP, bolsa FAPESP. Atualmente PD no Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA.

Murilo Sena Amaral. D 2014. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Pesquisador do Instituto Butantan, contratado como Tecnologista de Laboratório de Desenvolvimento III pela Fundação Butantan.

Angela Fachel. D 2009. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Pesquisadora colaboradora no Department of Hematology and Medical Oncology, Weill Cornell Medical College, New York, NY, USA.

Giulliana Tessarin e Almeida. D 2010. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Technical Applications Scientist na Illumina São Paulo, SP, Brasil.

Katia C P Oliveira Santos. D 2009. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professora Adjunta no Departamento de Microbiologia Imunobiologia e Parasitologia, Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP.

Thiago Motta Venancio. D 2008. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor Adjunto da Universidade Estadual do Norte Fluminense, UENF, RJ.

Helder I. Nakaya. D 2007. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor Doutor do Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP, e professor adjunto da Emory University, Atlanta, GA, USA.

Rodrigo Louro. D 2006. USP, bolsa FAPESP. Atualmente fundador e sócio da Sinnatrah Cervejaria Escola, São Paulo, SP

Juliana Lopes Rangel Fietto. D 2001. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professora Titular no Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, Universidade Federal de Viçosa, MG.

Eveline Gomes Vasconcelos. D 1997. USP, bolsa CAPES. Atualmente Professora Titular, Departamento Bioquímica, Instituto Ciências Biológicas, Universidade Federal de Juiz de Fora, MG. 

Adriana S. A. Pereira. PD 2020. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Analista Pleno de Controle de Qualidade na Fundação Butantan.

Leticia Anderson. PD 2017. USP, bolsa CNPq. Atualmente Professora Adjunta de Bioquímica no Instituto de Química e Biotecnologia da Universidade Federal de Alagoas. 

Elton José Rosas de Vasconcelos. PD 2016. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Bioinformatics Research Officer, Leeds Omics, School of Molecular and Cell Biology, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds, UK.

Felipe Cesar Ferrarezi Beckedorff. PD 2015. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Assistant Professor, Sylvester Comprehensive Cancer Center, University of Miami, Florida, USA.

Kleber S. Parreira. PD 2013. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor substituto na área de Morfologia da Universidade Federal de Mato Grosso (UFMT), campus de Rondonópolis.

Yuri J C B Moreira. PD 2010. USP, bolsa INCT Oncogenômica e Fundação Antonio Prudente. Atualmente Especialista de Aplicações na empresa Agilent Technologies, São Paulo, SP, Brasil.

Anna Smirnova. PD 2009. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Pós-Doutoranda na Pontifícia Universidade Católica de São Paulo, PUC/SP, no Departamento de Linguística Aplicada e Estudos de Linguagem.

Ricardo de Marco. PD 2007. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor associado e Livre Docente do Instituto de Física de São Carlos, Universidade de São Paulo.

Tarik El-Jundi. PD 2006. USP, bolsa FAPESP. Atualmente EMEA/APJ Big Data Software Support Sales Manager na empresa Micro Focus Software, Bracknell, United Kingdom.

Eduardo Moraes Rego Reis. PD 2005. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor Associado no Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo.

Flavio C Canavez. PD 2002. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Diretor Geral de Laboratório e Diretor de Inovação e Tecnologia, na empresa de serviços de diagnóstico laboratorial Genoa/LPCM.

Paulo C. Carvalho-Alves. PD 1999. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Professor Adjunto no Instituto de Bioquímica Médica Leopoldo de Meis, Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Marie Odile Parat-Salvado. PD 1998. USP, bolsa FAPESP. Atualmente Associate Professor, School of Pharmacy, Faculty of Health and Behavioural Sciences, The University of Queensland, Brisbane, Australia.

FAPESP – Projeto Temático Individual – Proc. 2018/23693-5 (1 de julho de 2019 a 30 de junho de 2025) intitulado “Mecanismos de ação de RNAs longos não-codificadores envolvidos nos programas de ativação gênica em eucariotos”.  Coordenador: S. Verjovski-Almeida 

FAPESP – Auxílio do programa PITE FAPESP-Agilent – Proc. 2020/01917-9 (1 de agosto de 2020 a 31 de julho de 2024), intitulado “Identificação e validação de novos candidatos vacinais em Schistosoma usando sistemas baseados em phage-display”. 

CNPq – Bolsa de Produtividade em Pesquisa PQ 1A – março de 2020 a fevereiro de 2025

Projetos concluídos

FAPESP – Auxílio à Pesquisa Regular – Proc. 18/15049-9 (01 de dezembro de 2018 a 30 de novembro de 2020) intitulado “EPICURE: avaliando as alterações epigenéticas no desenvolvimento de Schistosoma mansoni após o tratamento in vitro com soros de macacos auto-curados da esquistossomose”.

FAPESP – Auxílio à Pesquisa Regular – Proc. 15/06366-2 (01 de outubro de 2016 a 30 de setembro de 2019) intitulado “Avaliando os mecanismos de auto-cura em macacos rhesus infectados com Schistosoma mansoni como uma nova base para uma vacina”.

FAPESP – Projeto Temático Individual – Proc. 14/03620-2 (01 de julho de 2014 a 30 de junho de 2019) intitulado “Caracterização dos mecanismos de ação de RNAs longos não-codificadores envolvidos nos programas de ativação gênica em células humanas”.

FAPESP – Auxílio à Pesquisa Regular – Proc. 12/50467-0 (01 de fevereiro de 2013 - 31 de julho de 2015) intitulado “Caracterização de modificações pós-traducionais de histonas de Schistosoma mansoni sob o efeito de inibidores de histona deacetilases”.

Colaborações

Em Schistosoma mansoni:
Marcelo Fantappié, Universidade Federal do Rio de Janeiro

Maria A. Valenzuela, Universidad de Chile

R. Alan Wilson, University of York, UK

Philip LoVerde, James Collins, University of Texas, USA

Christoph Grevelding, Giessen University, Germany

Christoph Grunau, Université de Perpignan, France

Paul L.A.M. Corstjens, Leiden University, Netherlands; Raymond Pierce, Institut Pasteur Lille, France

Em lncRNAs humanos:
Irene Yan, Universidade de São Paulo;
Joana Wysocka, Stanford University;
R. Michael Roberts, University of Missouri.

1. Membro Eleito da Academia Brasileira de Ciências (Membro Associado 1986, Membro Titular 2003). Mérito Científico e Tecnológico do Governo do Estado de São Paulo “pela participação no sequenciamento do genoma do fitopatógeno Xylella fastidiosa” (2000). 
2. Comendador da Ordem Nacional do Mérito Científico da Presidência da República do Brasil (2006). Medalha Pirajá da Silva “pela importante contribuição no combate à esquistossomose no Brasil”, Ministério da Saúde (2008). 
3. Prêmio American Association for the Advancement of Science (AAAS Editor)-CAPES “pelo maior número de publicações na área de Biologia Celular nos últimos 3 anos”, na ocasião da comemoração dos 10 anos do Portal de Periódicos da CAPES, Brasilia, DF (2010).