Nos tripanossomatídeos, a expressão dos genes codificadores de proteínas (transcritos pela RNA Pol II) ocorre principalmente em nível pós-transcricional. No entanto, nosso grupo e outros já descreveram diferentes alterações epigenéticas (incluindo a deposição diferencial de variantes de histonas e de cromatina aberta ao longo do genoma do parasita,  modificações pós-traducionais em histonas, etc) que são dinamicamente alteradas ao longo do ciclo celular e de vida. Portanto, nosso grupo está interessado em estudar os mecanismos epigenéticos, baseados na cromatina, associando-os com a expressão gênica em T. cruzi. Para isso, utilizamos diversas abordagens em larga escala (proteômica, transcriptômica e epigenômica) para investigar: a localização e dinâmica dos nucleossomos (MNase-seq); a presença de cromatina ativa/aberta (FAIRE-seq); a localização de marcas epigenéticas e histonas variantes (ChIP-seq); a estrutura 3D da cromatina (Hi-C); quantitativamente as modificações postraducionais em histonas (proteômica quantitativa); a transcrição madura e nascente (RNA-seq e GRO-seq).

Os tripanossomatídeos são organismos de divergência precoce que incluem os agentes causadores de importantes doenças humanas, como a Doença de Chagas, a doença do sono e as leishmanioses. Eles possuem um repertório limitado de fatores de transcrição, e seus genes codificadores de proteínas estão organizados em unidades de transcrição policistrônicas (PTUs).

1. Biologia da relação Patógeno Hospedeiro – ICB-USP
2. Microbiologia e Imunologia – UNIFESP
3. Biotecnologia e Bioprocesso – I.Butantan

1. MENEZES, ANA PAULA ; MURILLO, ANA MILENA ; DE CASTRO, CAMILA GACHET ; BELLINI, NATALIA KARLA ; TOSI, LUIZ RICARDO ORSINI ; THIEMANN, OTAVIO HENRIQUE ; Elias, Maria Carolina ; SILBER, ARIEL MARIANO ; da Cunha, Julia Pinheiro Chagas . Navigating the boundaries between metabolism and epigenetics in trypanosomes. TRENDS IN PARASITOLOGY, v. 39, p. 682-695, 2023.

2. DE LUNA VITORINO, FRANCISCA N. ; LEVY, MICHAELLA J. ; MANSANO WAILEMANN, ROSANGELA A. ; LOPES, MARIANA ; SILVA, MARIANA LOTERIO ; SARDIU, MIHAELA E. ; GARCIA, BENJAMIN A. ; MACHADO MOTTA, MARIA CRISTINA ; OLIVEIRA, CARLA COLUMBANO ; ARMELIN, HUGO AGUIRRE ; FLORENS, LAURENCE A. ; WASHBURN, MICHAEL P. ; Pinheiro Chagas da Cunha, Julia . The antiproliferative effect of FGF2 in K-Ras-driven tumor cells involves modulation of rRNA and the nucleolus. JOURNAL OF CELL SCIENCE, v. 136, p. 1, 2023.

3. LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; SILVA, HERBERT GUIMARÃES DE SOUSA ; POUBEL, SALOE ; ROSÓN, JULIANA NUNES ; DE LIMA, LOYZE PAOLA OLIVEIRA ; COSTA-SILVA, HÉLLIDA MARINA ; GONÇALVES, CAMILA SILVA ; Galante, Pedro A. F. ; HOLETZ, FABIOLA ; MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO M. ; SILBER, ARIEL M. ; ELIAS, M. CAROLINA ; da Cunha, Julia Pinheiro Chagas* . Open chromatin analysis in Trypanosoma cruzi life forms highlights critical differences in genomic compartments and developmental regulation at tDNA loci. Epigenetics & Chromatin, v. 15, p. 22, 2022. 

4. ROSÓN, JULIANA NUNES ; VITARELLI, MARCELA DE OLIVEIRA ; COSTA-SILVA, HÉLLIDA MARINA ; PEREIRA, KAMILLE SCHMITT ; PIRES, DAVID DA SILVA ; LOPES, LETICIA DE SOUSA ; CORDEIRO, BARBARA ; KRAUS, AMELIE J. ; CRUZ, KARIN NAVARRO TOZZI ; Calderano, Simone Guedes ; FRAGOSO, STENIO PERDIGÃO ; SIEGEL, T. NICOLAI ; Elias, Maria Carolina ; da Cunha, Julia Pinheiro Chagas* . H2B.V demarcates divergent strand-switch regions, some tDNA loci, and genome compartments in Trypanosoma cruzi and affects parasite differentiation and host cell invasion. PLoS Pathogens, v. 18, p. e1009694, 2022. 

5. LIMA, ALEX R. J. ; DE ARAUJO, CHRISTIANE B. ; BISPO, SALOE ; PATANÉ, JOSÉ ; SILBER, ARIEL M. ; ELIAS, M. CAROLINA ; DA CUNHA, JULIA P. C*. . Nucleosome landscape reflects phenotypic differences in Trypanosoma cruzi life forms. PLoS Pathogens, v. 17, p. e1009272, 2021. 3 

Em andamento

1. Jovem Pesquisador- Fase 2 FAPESP (2018/15553-9) - Coordenadora

Indo a fundo na regulação da cromatina de Trypanosoma cruzi: identificação de novas moléculas e questionando seu possível impacto no controle da transcrição.

Vigência: julho/2019- julho/2025

Concluídos

1. Auxílio regular- FAPESP -(2017/06104-3) -  Coordenadora 

Functional analysis of histone H2B variant in Trypanosoma cruzi  

Vigência: Julho/2017 a Julho/2019

2. Jovem Pesquisador- FAPESP (2011/22619-7)  - Coordenadora

Alterações nucleares e na cromatina ao longo do ciclo celular e senescência de células de mamíferos

Vigência: abril/2012 a março/2017

Instituto de Ciências Biomédicas- Universidade de São Paulo

Instituto de Química-Universidade de São Paulo

Stowers Institute - USA

University of Pennsylvania -USA

LMU – Munich

Harvard Medical School - USA

Cornell University

Diversas linhagens de T. cruzi nocautes e etiquetadas para genes associados à expressão gênica (fatores de crescimento, subunidades de RNA Polimerases II e III) e cromatina (histonas canônicas e variantes, protéinas do cinetocoro).

Prêmios

2024: Melhor Poster - Categoria Doutorado (Herbert Guimaraes), SBPZ.

2023: Melhor Poster - Categoria Doutorado (Herbert Guimaraes), SBPZ - Premio Zigman Brenner.

2022: Best Poster Award (Camila Gachet-Castro), Workshop Emerging Infectious Diseases: Biology, Prevention, and Treatment.

2022: Best Poster Award (Camila Gachet-Castro), II Host-Pathogen Interaction Meeting.

2019: Best Genome Poster Award (Alex Ranieri Jerônimo Lima), XLVI Annual Meeting on Basic Research in Chagas' Disease.

2007: Announcement of the Nature Reviews Cancer Award for Young Investigators, Nature Reviews Cancer & São Paulo Research Conference.

2006: PRÊMIO ZIGMAN BRENNER 2006 - MENÇÃO HONROSA, XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology XXXIII annual meeting on Basic Research.