Milton Yutaka Nishiyama Junior

Cargo: Especialista de Laboratório

Laboratório: Laboratório de Toxinologia Aplicada

Linha de pesquisa: descoberta de peptídeos bioativos e novas toxinas de interesse para saúde pública

Contato: (11) 2627- 3759 | milton.nishiyama@butantan.gov.br

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Milton Nishiyama-Jr é graduado em Matemática pela Universidade Federal de São Carlos e Doutor em Ciências - Especialidade Bioinformática, pela Universidade de São Paulo. Atualmente é Coordenador do Núcleo de Bioinformática e Biologia Computacional do Instituto Butantan, idealizador e coordenador e do Sistema de Computação de Alto Desempenho (HPC) do Projeto FAPESP/EMUs em implementação no Instituto Butantan, tendo ingressado no Instituto como Bioinformata em 2013. Em 2015 concluiu o Doutorado pelo Programa Interunidades em Bioinformática pela Universidade de São Paulo e atua desde então como Pesquisador no Laboratório de Toxinologia Aplicada (LETA). Desde 2016 participa com Pesquisador Associado do Projeto CEPID/FAPESP, do Centro de Toxinas, Resposta Imune e Sinalização Celular (CeTICS), e do Projeto FAPESP-GSK do Centro de Excelência para Descobertas de Alvos Moleculares (CENTD).

Milton Nishiyama-Jr dedica-se à pesquisa dos compostos do veneno, com especial interesse na classe dos aracnídeos, em especial as aranhas, estima-se que contenham cerca de 10 milhões de peptídeos bioativos com enorme potencial farmacológico e como fonte de terapêutica para saúde humana. Sua pesquisa tem foco no desenvolvimento de novas aplicações em Biotecnologia e Imunoinformática, baseado em modelos de aprendizado de máquina, aprendizagem profunda e engenharia e desenho de proteínas, utilizando dados moleculares de larga escala, predizendo alvos moleculares, peptídeos bioativos e descoberta de novas toxinas de interesse para saúde pública e entendimento dos mecanismos e respostas moleculares que governam os sistemas biológicos.

A Organização Mundial de Saúde (OMS), recentemente classificou envenenamentos por organismos venenosos como doenças tropicais negligenciadas de categoria A. E vem lançando alertas e incentivos para o desenvolvimento de novas vacinas e antimicrobianos para o combate a agentes patogênicos, devido à resistência aos medicamentos, ressurgimento de epidemias e pandemias, as quais podem causar infecções graves e levar à óbito. E para estes avanços tornam-se necessárias Iniciativas globais e integração de áreas multidisciplinares, na elucidação evolutiva entre as toxinas e moléculas bioativas naturais presentes principalmente em artrópodes, no desenvolvimento de novas ferramentas computacionais e biotecnológicas de diagnóstico para rápida identificação de patógenos com maior precisão, e aceleração no processo de desenvolvimento de novas vacinas e anticorpos monoclonais através da imunoinformática e inteligência artificial. O surgimento e desenvolvimento de novos métodos e modelos de aprendizado de máquina e aprendizagem profunda na área de Bioinformática e Imunoinformática tem proporcionado um avanço na descoberta de novos e potenciais fármacos, e na elucidação da atividade destas moléculas e potênciais alvos ou receptores moleculares e metabólicos, surgindo como uma área promissores e desafiadora para novos desenvolvimentos computacionais aplicados à área de saúde.

Programa de Toxinologia - Instituto Butantan
Programa Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres - Faculdade de Medicina Veterinária, Universidade de São Paulo

Teodoro Júnior, Leandro; Jesus-Ferreira, Henrique César De; Sogayar, Mari Cleide; Nishiyama-Jr., Milton Yutaka. Integrative RNA-Seq and TCGA-BRCA Analyses Highlight the Role of LINC01133 in Triple-Negative Breast Cancer. Biomedicines, v. 14, p. 268, 2026.
Lucas Saladini, Marcos Jorge Magalhães Junior, Cristiane Castilho Fernandes da Silva, Priscila Gonçalves Coutinho Oliveira, Roberto Tadashi Kodama, Lais Gomes da Silva, Milton Yutaka Nishiyama-Jr, Patrick Jack Spencer, Wilmar Dias da Silva and Fernanda Calheta Vieira Portaro. Evaluation of the inhibitory potential of synthetic peptides homologous to CDR3 regions of a monoclonal antibody against bothropic venom serine proteases. International Journal of Molecular Sciences, 2024.
Nishiduka, Erika S. ; Abreu, Thiago F. ; Abukawa, Fernanda Midori ; Oliveira, Ursula C. ; Tardivo, Caio E. O. ; Nascimento, Soraia M. ; Meissner, Gabriel O. ; Chaim, Olga M. ; Juliano, Maria A. ; Kitano, Eduardo S. ; Zelanis, André ; Serrano, Solange M. T. ; Da Silva, Pedro I. ; Junqueira-De-Azevedo, Inácio L. ; Nishiyama-Jr, Milton Y. ; Tashima, Alexandre K. Multiomics Profiling of Toxins in the Venom of the Amazonian Spider Acanthoscurria juruenicola. Journal Of Proteome Research, v. 21, p. 2783-2797, 2022.
Pidde, Giselle ; Nishiyama, Milton Y. ; De Oliveira, Ursula Castro ; Villas-Boas, Isadora M. ; Paes-Leme, Adriana F. ; Junqueira-De-Azevedo, Inácio L. ; Marques-Porto, Rafael ; Squaiella-Baptistão, Carla C. ; Tambourgi, Denise V. . Integrative multiomics analysis of Premolis semirufa caterpillar venom in the search for molecules leading to a joint disease. Scientific Reports, v. 11, p. 1, 2021.
Almeida, Diego Dantas ; Viala, Vincent Louis ; Nachtigall, Pedro Gabriel ; Broe, Michael ; Gibbs, H. Lisle ; Serrano, Solange Maria De Toledo ; Moura-Da-Silva, Ana Maria ; Ho, Paulo Lee ; Nishiyama-Jr, Milton Yutaka ; Junqueira-De-Azevedo, Inácio L. M. Tracking the recruitment and evolution of snake toxins using the evolutionary context provided by the genome. Proceedings Of The National Academy Of Sciences Of The United States Of America (Online), v. 118, p. e2015159118, 2021.

Atuais

Mestrado

Luis Felipe Biao Silveira, Mestrado, Programa Toxinologia, Instituto Butantan, Financiamento: CAPES. (Orientador).

Gabriel Sanchez e Souza, Mestrado, Programa Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres, Universidade de São Paulo, Sem financiamento. (Orientador).

Erick D’Haro Bandeira - Mestrado, Programa Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres, Universidade de São Paulo, Sem financiamento. (Orientador).

Pedro Enrique Soares de Lima - Mestrado, Programa Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres, Universidade de São Paulo, Sem financiamento. (Co-Orientador).

Tese de doutorado

Marcela Akemi Ishihara. Defesa: 2025. Doutorado da Toxinologia, Instituto Butantan, Financiamento: CAPESP (Orientador).

Dharshna Priya Kondalu Ramasamy. Defesa: 2022. Doutorado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres, Universidade de São Paulo, Financiamento: CAPESP. (Co-Orientador).

Lhiri Hanna Alves De Lucca Shimokawa Falcão. Defesa: 2021. Doutorado da Toxinologia, Instituto Butantan, Financiamento: FAPESP (Co-Orientador).

Especialização

Gabriel Sanchez e Souza. Defesa: 2025. Especialização em Biotecnologia para a Saúde - Vacinas e Biofármacos, Instituto Butantan, Financiamento; Secretaria de Saúde do Estado de São Paulo (Orientador).

Maria Gabriela da Costa Ferrari. Defesa: 2023. Especialização em Biotecnologia para a Saúde - Vacinas e Biofármacos, Instituto Butantan, Financiamento; Secretaria de Saúde do Estado de São Paulo (Orientador).

Rosanne da Silva Vieira. Defesa: 2021. Especialização em Biotecnologia, Universidade Federal de São Paulo. (Orientador).

Trabalho de Conclusão de Curso de Graduação

Victor Kenzo Arashiro. Defesa: 2024. Graduação em Matemática Aplicada com Habilitação em Sistemas e Controle, Universidade de São Paulo. (Orientador).

Wesley Freitas Mantovani. Defesa: 2023. Graduação em Biotecnologia, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq (Orientador).

Daniel Marçal Nogueira. Defesa: 2023. Graduação em Biomedicina, Universidade Federal do Pará, Financiamento: CNPq. (Orientador).

Caio Fontes de Castro. Defesa: 2022. Graduação em Ciência da Computação, Universidade de São Paulo. Financiamento: CNPq. (Orientador).

Livia Maria Dias Tavares. Defesa: 2021. Graduação em Matemática Aplicada e Computação Científica, Universidade de São Paulo. (Orientador).

Iniciação científica

Beatriz Gonzaga Correia da Silva. Graduando em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento CNPq. (Orientador).

Gustavo Akio Honda. Graduando em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento FAPESP. (Orientador).

Wesley Freitas Mantovani, 2023. Graduação em Biotecnologia, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq (Orientador).

Clara Yuki Sano, 2022. Graduação em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq. (Orientador).

Nelson Alves Yamashita,: 2021. Graduação Matemática Aplicada e Computação Científica, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq. (Orientador).

Leticia Carvalho Eustaquio Costa, 2022. Graduação em Biotecnologia, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq, (Orientador).

Nathan de Oliveira Nunes, 2021. Graduação em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq (Orientador).

Marco Lazaro de Sousa Batista, 2020. Graduação em Química, Universidade de São Paulo, Financiamento: FAPESP. (Orientador).

Caio Fontes de Castro, 2020. Graduação em Ciência da Computação, Universidade de São Paulo, FInanciamento: CNPq. (Orientador).

Nathan de Oliveira Nunes, 2020. Graduação em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq (Orientador).

Nathan de Oliveira Nunes, 2019. Graduação em Ciências de Computação, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq (Orientador).

Erika Pina de Oliveira, 2019. Graduação em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia, Federal do Tocantins. (Orientador).

Marco Lázaro de Sousa Batista, 2017. Graduação em Ciências Moleculares, Universidade de São Paulo, Financiamento: CNPq. (Orientador).

Egressos

Dissertação de mestrado

Fernanda Midori Abukawa. Defesa: 2022. Programa da Toxinologia) - Instituto Butantan, Financiamento: Fundação Butantan. (Orientador).

Aline de Almeida Ferreira. Defesa: 2022. Engenharia Biomédica, Universidade Federal do ABC. (Coorientador).

Tese de doutorado

Dharshna Priya Kondalu Ramasamy. Defesa: 2022. Doutorado em Anatomia dos Animais Domésticos e Silvestres, Universidade de São Paulo, Financiamento: CAPESP. (Coorientador).

Lhiri Hanna Alves De Lucca Shimokawa Falcão. Defesa: 2021. Doutorado da Toxinologia, Instituto Butantan, Financiamento: FAPESP (Coorientador).